El Recinto Universitario “Leonel Rugama Rugama” de Estelí se fundó el 4 de noviembre de 1979, como una extensión de la Universidad Nacional Autónoma de León, con el año de Estudios Generales.
Posteriormente, en 1981 pasa a ser una extensión de la UNAN-Managua, como parte de la Escuela de Ciencias de la Educación, formando Licenciados en Ciencias de la Educación con mención en Matemáticas, Biología, Español y Ciencias Sociales.
A partir de 1990 se amplía la oferta académica con carreras a nivel de Técnico Superior en Computación, Administración de Empresas, Contaduría Pública y Finanzas, Ecología y Recursos Naturales; y Licenciatura en Psicología, Pre-escolar, Derecho, Ciencias Ambientales y Administración Educativa.
El desarrollo cualitativo y cuantitativo alcanzado a lo largo de 30 años, fue reconocido por la UNAN-Managua en agosto de 2006, al ascencer el Centro a la categoría de Facultad, estatus Superior a nivel de Región, con una nueva estructura de acuerdo a la extensión de carreras atendidas.
Simultáneo a la consolidación de su estructura, se hace énfasis en los ejes sustanciales del quehacer universitario, de ahí que lo académico, investigación, gestión, extensión e internacionalización son las funciones sustantivas.