El fondo documental de la FAREM-Estelí está formado por toda los documentos que la Universidad produce o genera al realizar sus funciones. Este fondo posibilita mejorar la gestión, probar los derechos de la comunidad universitaria, y contribuir a la memoria histórica. Está conformado por los archivos de gestión (oficinas) y el archivo centralizado.
Archivos de gestión u oficina
Formado por los documentos que cada oficina, área o dependencia genera o produce en el ejercicio de sus funciones. Su nivel de utilización es frecuente. Desde su etapa inicial hasta 3-5 años.
Archivo centralizado
Reúne, conserva, organiza y custodia la documentación universitaria procedente de los archivos de gestión, una vez transcurrido el período de permanencia en los mismos. Actúa como archivo intermedio tratando la documentación para que sirva de soporte a la gestión administrativa de la Universidad, y actúa como archivo histórico conservando aquella documentación de la que se ha determinado su conservación permanente, de acuerdo con su valor histórico.